Il suo primo lavoro firmato, Apartment zero (id., 1988), non è una pietra miliare della storia del cinema, ma è un thriller, un genere perfetto per affilare le lame di uno sceneggiatore. Tenere alta la suspence non è un lavoro alla portata di tutti, serve tanto mestiere e un pizzico d'inventiva per dare alla storia la giusta dose di imprevedibilità. Koepp firma anche la produzione di questo film indipendente, che costituisce la sua prima vera e propria esperienza professionale.

Con il suo secondo lavoro Koepp mette in mostra  le stimmate del fuoriclasse. Una pellicola a basso budget, Cattive compagnie (Bad influence, 1990), si segnala immediatamente come il caso dell'anno. Rob Lowe è la cattiva compagnia che tenta di corrompere il giovane rampante e perbene James Spader.
A quei tempi, Lowe, Spader e il regista Curtis Hanson erano pressochè sconosciuti, ma il film funziona benissimo e raccoglie premi di pubblico e critica (tra gli altri, vince come miglior film al Mystfest di Cattolica), e molto è dovuto alla trama nera e tesissima di Koepp. I personaggi sono certamente sopra le righe, e come in ogni thriller che si rispetti ci sono dei momenti in cui l'incoerenza è palese, ma sono piccoli difetti che vengono accantonati dallo spettatore trovatosi ad assistere a questa discesa negli inferi, con faticosa risalita, del protagonista James Spader, con un robusto colpo di scena finale che rovescia l'equazione forte cacciatore / debole preda formulata dal suo torbido antagonista Rob Lowe.

Il lavoro successivo Toy soldiers (id., 1991) è minore e noto solo agli appassionati. Ma è col successivo La morte ti fa bella (Death becomes her, 1992) che Koepp compie il definitivo salto di qualità. Anche se la pellicola è soprattutto un esercizio utile a Zemeckis per giocare con effetti allora all'avanguardia e vincere per questo un Oscar, lo script di Koepp permette alle attrici, una grandissima Streep e un'altrettanto brava Goldie Hawn, di sfogare tutto il loro talento.
L'anno successivo (1993) Koepp scrive due film assolutamente inconciliabili tra loro, ed egualmente due grandi successi. Escono infatti Jurassic Park (id., 1993) e Carlito's way (id., 1993).  Tanto leggero, frenetico, infantile il primo quando grandioso, monumentale ed epico il secondo.
Jurassic Park dovrebbe essere stato il lavoro più semplice, in quanto il romanzo di Chrichton era già perfetto per un film di Spielberg: "è per questo che l'hai scritto, perchè io potessi farne un film", così disse il regista al romanziere. Koepp ha il merito di trarre il meglio dalla storia, plasmando nel modo migliore il personaggio di Hammond, piuttosto diverso da quello del romanzo, tratteggiandolo più tenero e totalmente privo di cattiveria, facendone quindi un personaggio tipicamente "alla Spielberg". Il film funziona alla grande, battendo ovviamente ogni record d'incassi. Il regista si diverte come un bambino a mettere in scena le devastazioni operate dal tirannosauro, infarcendo la pellicola dei classici primi piani "meravigliati" che tante volte aveva messo in scena nei suoi film, E.T. e Incontri ravvicinati su tutti. Il ritmo perfettamente dosato del film si può ascrivere, oltre che al montaggio, alla serrata sceneggiatura di Koepp.
Carlito's way, la storia dell'ormai celebre bandito Carlito Brigante, protagonista di una vita criminosa che lo risucchia nell'abisso della violenza ogni volta che cerca di venirne fuori, è di tutt'altra caratura rispetto al "giurassico" parco giochi messo in piedi da Spielberg. Koepp verga una sceneggiatura "matura" che sembra essere totalmente al servizio degli attori e del regista. Sean Penn, nei panni dell'avvocato Kleinfeld, trova la performance migliore dai tempi di A distanza ravvicinata e Al Pacino dà vita ad un Brigante che rimane impresso in maniera indelebile nell'immaginario collettivo e nella storia del cinema.
Quello che sorprende in Koepp è la capacità di adattare come un guanto le storie alla mano del regista. Potrebbe essere un limite di personalità, in realtà si tratta semplicemente di mestiere e intelligenza professionale.
Il lavoro successivo Cronisti d'assalto (The paper, 1994) è un classico film di Ron Howard, un regista alla continua ricerca del titolo di "Frank Capra del ventesimo secolo". La pellicola non fa che confermare l'eclettismo di Koepp e riscuote un buon successo.