Tant'è che Koepp torna a firmare esclusivamente sceneggiature, con risultati sempre buoni. Jurassic Park II - Il mondo perduto (The lost world, 1997) è un seguito non necessario di Jurassic Park, ma la storia regge bene, e così gli incassi. Nel cupo Omicidio in diretta (Snake eyes, 1998) si rinnova il sodalizio con De Palma, una pellicola godibile per alcuni, noiosa per altri -probabilmente quelli che proprio non sopportano Nicolas Cage. Comunque è un lavoro che dà modo a De Palma di sfogare tutti i suoi tic di regista, e Koepp lo asseconda in ogni momento.
David ci riprova quindi con la regia, stavolta con esiti migliori: adatta uno dei più celebri racconti di Richard Matheson, Io sono Helen Driscoll e riesce stavolta a catturare l'atmosfera di mistero che trasuda dalle pagine della storia e a mediarla in modo soddisfacente dietro la cinepresa. Ne viene fuori una pellicola ad alta tensione, Echi mortali (Stir of echoes, 1999) che presenta qualche debolezza proprio in fase di sceneggiatura, con un finale forzato, come accade spesso nel cinema americano di cui Koepp è figlio legittimo, ma che nel complesso regge abbastanza bene.

Il 2002 è il vero anno d'oro di Koepp, quando vengono distribuiti due film da lui scritti, e si tratta probabilmente dei suoi migliori script dai tempi di Carlito Brigante.
Il primo è Panic Room (id., 2002), in cui riesce, complici due grandissimi compagni di viaggio, il regista David Fincher e una spettacolare Jodie Foster, a confezionare un film claustrofobico che si svolge all'interno di un appartamento, e quasi interamente in una sola stanza!

Il secondo è la sceneggiatura di Spider-man (id., 2002). Qui, assieme al regista Raimi, Koepp compie un piccolo miracolo. Forte dell'esperienza negativa di The shadow, e probabilmente più interessato al progetto in quanto lettore e fan dichiarato dell'eroe Marvel più famoso, David si prepara meglio e sforna uno script che calza al personaggio originale come il costume rosso e blu che indossa. Il film, in una parola, è perfetto, e riesce a fare felici i vecchi fan, i nuovi e quelli che ignoravano persino chi fosse l'Uomo Ragno.
Koepp cattura l'anima del personaggio: Peter è un ragazzo geniale con il complesso dell'incompreso, timido e refrattario al mondo esterno, finché un incidente non cambia la sua vita e il modo di rapportarsi ad essa. Il resto è spettacolo, virtuosismi del regista Raimi, una bellissima CGI e scazzottate contro il villain di turno, ma l'essenza del character c'è ed è direttamente responsabile del grande successo del film. Koepp è partito da una sceneggiatura preesistente, sulla quale avevano messo mano una fila interminabile di sceneggiatori (la prima stesura è dal progetto originale di James Cameron del 1990) ma David ha il merito di lavorare di fino, risolvendo al meglio le scene chiave e caratterizzando correttamente sia Mary Jane, sia Peter Parker, ruoli coperti tra l'altro da un casting fatto divinamente. E il cattivo Norman Osborne, interpretato da uno schizofrenico Willem Dafoe riesce ad eguagliare, per molti a superare, la performance del leggendario Nicholson/Joker del Batman di Burton.

Ormai Koeep a girare i suoi film ci ha preso gusto, nel 2004 mette in cantiere Secret window (id., 2004), di cui scrive anche la storia e che segna una confidenza ormai celebrata con la macchina da presa, ma non ci fa mancare delle buone sceneggiature quando occorre (a Spielberg): vedi il remake de La guerra dei mondi (War of the worlds, 2005), Zathura (id., 2005) (una rivisitazione di Jumanji) e l'ultimo Indiana Jones (id., 2008). Lavori quasi sempre di buona fattura, ma da lui, pur sapendo che è impossibile, si vorrebbe sempre un capolavoro.

David Koepp è un autore completo, riesce bene sia quando partorisce delle proprie storie (suoi i soggetti di Panic Room e Cattive compagnie) sia quando adatta da altri media, romanzi, fumetti e serie TV. Il suo stile non piace a tutti, la critica che gli viene spesso mossa, probabilmente a ragione, è di non saper dosare le pause, ovvero la capacità di far "respirare" la storia tra una scena di tensione e la successiva. In realtà questo accade solo in alcuni lavori, ad es. nell'ultimo Indiana Jones, dove il difetto è piuttosto evidente, mentre in altri (Spider-man) l'equilibrio è pressoché perfetto. Altri gli rimproverano il basso profilo dei temi trattati, dimenticando che, per quanto sia versatile, si tratti fondamentalmente di un autore di thriller, un fabbricante di emozioni pure senza velleità intellettuali, ed è in questo ristretto ambito che dobbiamo collocare la sua opera.

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